Eén bevoegd gezag: gemeente
De Wabo hanteert het uitgangspunt dat er per project één bevoegd gezag verantwoordelijk is voor de verlening en de handhaving van de omgevingsvergunning. Dit bevoegd gezag beslist ook op alle aanvragen om een omgevingsvergunning die nadien worden ingediend. Als hoofdregel kent de Wabo het bevoegd gezag toe aan de gemeente waar het project (in hoofdzaak) zal worden uitgevoerd.
Provincie/Rijk bevoegd gezag
De provincie wordt aangewezen als het bevoegd gezag voor de provinciale IPPC- en BRZO-inrichtingen, die vanwege hun milieuaspecten in de huidige regeling al onder provinciaal gezag vallen. Het gaat hierbij om circa 600 inrichtingen. Voor alle overige, thans provinciale, niet-IPPC- en niet-BRZO-inrichtingen zal de gemeente het bevoegd gezag worden. Een uitgebreide toelichting is te vinden in het Besluit Omgevingsrecht (Bor).
De provincie is eveneens bevoegd gezag in de gevallen waarin besluitvorming in het kader van de ruimtelijke ordening voor gemeentegrens overschrijdende plannen noodzakelijk is. Voor een zeer klein aantal gevallen komt de bevoegdheid tot het verlenen van de omgevingsvergunning bij het Rijk te liggen. Het gaat hierbij met name om bepaalde defensie-inrichtingen en om mijnbouwwerken.